سازمان غذا و داروی آمریکا هشدار داد میکروبیوتای مدفوع برای پیوند ممکن است ارگانیسم‌های مقاوم به چند دارو را که منجر به عفونت‌های جدی یا تهدیدکننده زندگی می‌شوند، انتقال دهد.
در یک بیانیه ایمنی که منتشر شد، FDA گزارش داد دو بیمار مبتلا به نقص ایمنی که میکروبیوتای مدفوع برای پیوند دریافت کردند، مبتلا به عفونت‌های تهاجمی باکتریال شدند که توسط اشرشیا کولی تولید کننده ESBL ایجاد شده بود. یکی از این بیماران فوت کرد.
میکروبیوتای مدفوع برای پیوند که در این دو بیمار استفاده شد، از مدفوع یک اهداکننده گرفته شده بود. مدفوع اهدا کننده و میکروبیوتای مدفوع برای پیوند حاصل از آن که در این دو فرد استفاده شده بود، پیش از استفاده برای ارگانیسم‌های گرم منفی تولید کننده ESBL تست نشده بود.
پس از این که این عفونت‌ها رخ داده بودند، میکروبیوتای مدفوع برای پیوند که از این مدفوع به دست آمده بود، برای اشرشیا کولی تولید کننده ESBL مثبت بود و مشابه آن موردی بود که از دو بیمار به دست آمده بود.
بر این اساس، FDA توصیه می‌کند که با هر استفاده تحقیقاتی از میکروبیوتای مدفوع برای پیوند، اهداکننده‌ها باید با سوالاتی در مورد عوامل خطر برای کلونیزاسیون با ارگانیسم‌های مقاوم به چند دارو غربالگری شوند. مواردی که در معرض خطر بالاتر قرار دارند، باید کنار گذاشته شوند. از سوی دیگر، مدفوع اهدا کننده نیز باید از نظر ارگانیسم‌های مقاوم به چند دارو تست شوند و مواردی که مثبت گزارش می‌شوند، حذف شوند.
هر چند استفاده از میکروبیوتای مدفوع برای پیوند هنوز مورد تائید FDA قرار نگرفته، این آژانس نقش مهمی در حمایت از ارتقای محصول دارد و در عین حال، خطرات و مزایای آن را برای بیماران رصد می‌کند.