عامل بوجود آورنده بیماری جنین فاقد جمجمه ناشناخته می باشد و الگوی ژنتیکی شناخته شده ای برای آن هنوز تشخیص داده نشده است.
امار و تحقیقات نشان می دهد که مادری که در یکی از کودکان فقدان کانال عصبی وجود داشته ، 3% احتمال این وجود دارد که فرزند بعدی وی نیز دچار این اختلال شود.
تحقیقات و بررسی ها نشان می دهد که مادرانی که دارو های ضد صرع مصرف می کنند و نیز دارای دیابت وابسته به انسولین هستند ریسک فاکتور بیشتری در ابتلای فرزندانشان به این بیماری هستند. مشاوره ی ژنتیک میتواند در مادرانی که دارای این ریسک فاکتور های هستند می تواند کمک کننده باشد.
مصرف اسید فولیک می تواند از بروز این بیماری پیشگیری کند. بنابراین توصیه می شود زنان و دخترانی که در سن بارداری قرار دارند روزانه 0.4 میلی گرم اسید فولیک را مصرف کنند و این باعث می شود ابتلا به ان 0.03% کاهش یابد. پزشکان برای مادرانی که در بارداری قلبی کودکشان مبتلا به این اختلال شده است از دوز بالای اسید فولیک روزانه 4 میلی گرم برای انها تجویز می کنند .
این بیماری می تواند دراثر در معرض قرار گیری مادر در حین بارداری با عوامل سمی از جمله کرونیوم، مرکوری و نیکل باشد. مجاورت با اورانیوم علاوه بر این اختلال باعث ایجاد دفورمیتی های خطرناکی دیگر نیز می شود.