داروهای باروری می‌توانند طیف گسترده‌ای از عوارض جانبی جزئی، از جمله تورم خفیف تخمدان، درد معده، حساسیت به لمس پستان، بی‌خوابی، تهوع و استفراغ، تاری دید، سردرد، خستگی، تحریک‌پذیری، افسردگی، افزایش وزن و در موارد نادر، کیست‌های تخمدانی را ایجاد کنند.
با مصرف داروهای باروری احتمال باروری چندقلو افزایش می‌یابد. اگرچه بسیاری از زوج‌ها این را برکت و رحمت می‌دانند و خوشحال می‌شوند اما باید بگوییم این مسأله ریسک سقط و دیگر مشکلات را افزایش می‌دهد.
این درمان همچنین می‌تواند بسیار از نظر هیجانی و عاطفی سخت باشد، زیرا شما باید برای بررسی مکرر مدام نزد پزشک بروید. یافتن یک دوست مشتاق، گروهی پشتیبان یا یک فرد حرفه‌ای قبل درمان، در طول درمان و بعد از درمان می‌تواند برای شما از نظر روانی التیام بخش باشد.
زنانی که کلومیفن را به همراه دیگر داروهای باروری مصرف می‌کنند، گاهی اوقات دچار سندرم تحریک بیش از حد تخمدان (OHSS) می‌شوند، که یک بیماری با افزایش وزن، نفخ و احساس پُف‌کردگی است. همچنین برخی از بیماران تنگی نفس، سرگیجه، درد لگن، تهوع و استفراغ دارند. این مسأله زمانی رُخ می‌دهد که بیش از اندازه خوب به درمان پاسخ داده و چندین تخمک بالغ تولید کنید. در این صورت تخمدا‌‌ن‌ها به طور ناگهانی چندین برابر اندازه اصلی‌شان بزرگ شده و مایعی را به حفره شکمی ترشح می‌کنند. به طور معمول این مسأله با نظارت دقیق توسط پزشک برطرف می‌شود. اما در موارد نادر می‌تواند تهدید‌کننده زندگی باشد، و شما باید برای نظارت شدید در بیمارستان بستری شوید.
پژوهشگران که اخیراً نتایج هشت مطالعه مختلف انجام شده را مورد بررسی قرار داده‌اند، نشان داده‌اند که داروهای باروری خطر ابتلا به سرطان تخمدان را افزایش نمی‌دهند، حتی اگر درمان دارویی بیش از یک سال طول بکشد. پیش از این، این مسئله یک منبع اصلی از جنجال و نگرانی بود.
درصد موفقیت
داروهای باروری معمولاً در تحریک تخمک‌گذاری موفق هستند: حدود ۸۰ درصد از زنان، معمولاً در سه ماهه اول درمان، تخمک‌گذاری می‌کنند و از میان آنها ۴۰ درصد باردار می‌شوند (البته احتمال بارداری به فاکتور‌های دیگری نظیر سن، میزان تحرک و کیفیت اسپرم همسر بستگی دارد). اطلاعات بسیار کمی در مورد میزان تولد نوزاد زنده بر اثر مصرف این داروهای باروری در دسترس است، اما مطالعات چند عدد را در میان ۳۰ تا ۶۰ درصد اعلام کرده‌اند.