کلرهگزیدین ممکن است عوارض جانبی زیر را ایجاد کند:
– درد در دهان
– تورم دهان
– تحریک دهان
– تغییر رنگ تیره دندان یا زبان
– دفع غشای مخاطی حفره دهان
– واکنش آلرژیک