کلرهگزیدین ممکن است عوارض جانبی زیر را ایجاد کند:

  –  درد در دهان

  –  تورم دهان

  –  تحریک دهان

  –  تغییر رنگ تیره دندان یا زبان

  –  دفع غشای مخاطی حفره دهان

  –  واکنش آلرژیک